Xilinx ISE 9.x で_pn.exeというプロセスが滞る件

表題の通り。
全くもって謎なのだが、論理合成やISE Simulatorでシミュレーションを数回繰り返しているとISEが作る_pn.exeというプロセスが肥大化した後、ISEの操作が進まなくなる。*1
（アプリが固まるのではなくボタン押す操作やすでに開いているウインドウを閉じることはできる。）
ISEを一度終了して、タスクマネージャ等から_pn.exeが残っていないことを確認し、もし残っていれば強制的にプロセスを終了させる。
改めてISEを起動すると何事もなかった様に動かせるのだが。
一応確認しているのは、メニューのProject→Clean up Project Filesでまっさらな状況にしているとこの問題は起こらない。
ただ、これだとソースを数行修正しただけでも1からやり直しになるからなぁ。

うーん、XilinxのQ&Aサイト見ても特に見当たらない気が…。
情報求む。

*1:動いているのかもしれないが、処理が進捗している様に見えない